| |
9
Fig. 6. [screenshot]
Das folding@home Client-Programm
Bemerkenswert ist, dass diese Art des parallelen Processings keinen schnellen
Datenbus erfordert, wie das bei den meisten Parallelrechnern der Fall ist. Die
Datenpakete werden unabhängig voneinander analysiert. Dabei wird das gleiche
Teilproblem von tausenden Rechnern gleichzeitig betrachtet. Da es jeweils
hunderttausende von unterschiedlichen Faltungsmöglichkeiten des Proteins gibt, aber
nur eine zum korrekten Ergebnis führt, landen die meisten Prozessoren in einem so
genannten Trap (Falle). Nach dem Abschluss einer work-unit wird nach dem richtigen
Zwischenergebnis gesucht, und von dort an wieder von allen Rechnern weitergesucht.
Die schnellsten Proteine falten sich in 10 Ês, während eine einzelne CPU nur etwa
1 ns/Tag berechnen kann. Damit würde sie etwa 30 Jahre für die Faltung benötigen.
Der verwendetet Parallelalgorithmus beschleunigt das Problem zumindest linear,
wodurch mit 1.000 Prozessoren die Berechnung von 1 Ês am Tag möglich wird.
(weitere Informationen [8])
Ein weiterer wichtiger Punkt ist, dass durch die Visualisierung von
Proteinfaltungen und der dadurch möglichen Simulation von Interaktionen, ein
modelhaftes Verständnis der molekularen Vorgänge stark erleichtert wird. Die
nachfolgende Fig. 7 zeigt zwei nichtbiologische Polymere gleichen Typs, die
miteinander ihre Faltung einleiten. Die Darstellung ist ein Ergebnis von
|  |
|
| |
|
|